Sejak Mei 2014, para warga Kendeng telah memrotes akan adanya penambangan dan pembangunan pabrik semen di Kendeng. Dikhawatirkannya, hal tersebut akan merusak ekosistem pegunungan karst dan berdampak buruk pada mata pencaharian mereka.
Pada 2015, putusan MA akhirnya membatalkan izin pembangunan pabrik tersebut. Namun, Ganjar merespon hal itu dengan menerbitkan izin baru. Pada akhir 2016, KLHK meminta pembangunan agar ditunda. Setelah dua bulan berselang, Ganjar menerbitkan izin baru dengan dalih kajian lingkungan sudah sesuai.
Sontak saja, keputusan itu memicu protes warga setempat hingga pemerintah memutuskan untuk moratorium. Meski demikian, penambangan semen hingga kini masih berlangsung di Kendeng.
Konflik lainnya ialah terkait penolakan warga terhadap penambangan dan pembangunan Bendungan Bener di Wadas. Konflik tersebut mengemuka pada awal 2022 setelah tindakan represif aparat terhadap warga di Wadas.
Adapun terkait konflik Wadas, Ganjar menyebutkan sudah memberi uang kompensasi atau ganti rugi sebesar Rp 11 milyar kepada ketua kelompok yang terkait di Wadas.
Meski demikian, nama Ganjar masih saja mencuat di beberapa media bahkan Google sekali pun.