Sementara karir politiknya digemblek sejak Ganjar aktif di GMNI. Dia merupakan simpatisan PDI sejak dulu hingga berubah menjadi PDI Perjuangan di bawah pimpinan Megawati.
Dia pun pernah mencari peruntungan menjadi anggota DPR RI pada 2004. Sayangnya, dia mendapat kursi dari rekan separtainya, Jakob Tobing dengan mekanisme pengganti antar waktu (PAW).
Saat di DPR RI dia menempati Komisi IV. Selama lima tahun karirnya di DPR RI, dia juga pernah menjadi panitia khusus hingga menjadi ketua panitia itu dan anggota badan legislasi.
Ganjar kembali menjabat menjadi anggota DPR RI periode 2009-2014. Saat itu dia menempati Komisi II dan sempat meraih jabatan wakil ketua komisi.
Namun setahun sebelum lengser, Ganjar mencalonkan diri di Pilgub Jateng 2013 dan menang setelah menggandeng Heru Sudjatmoko.Pada Pilgub 2018, dia kembali menang setelah menggandeng Taj Yasin Maimoen.