Kemudian, Afif berkarier di KPU RI dengan masuk dalam tujuh komisioner KPU RI periode 2022-2027 sebagai Ketua Divisi Hukum dan Pengawasan serta Wakil Ketua Divisi Data dan Informasi.
Pria ini juga pernah menjabat sebagai koordinator wilayah KPU untuk provinsi Papua, Kalimantan Barat, Sulawesi Selatan, Lampung, Kepulauan Riau, dan Banten.
Lalu, Mochamad Afifuddin jadi (Plt) Ketua KPU pengganti Hasyim Asy'ari dan kini Afif ditunjuk sebagai Ketua KPU RI definitif.***
